Í haust verður farið af stað með tilraunaverkefni í skólanum og verður nýnemum þá raðað í bekki. Þetta fyrirkomulag verður aðeins á 1. ári nemenda en eftir það stunda þeir nám í áfangakerfi. Bekkirnir miðast að mestu leyti við námsbrautir en einnig getur námsstaða nemenda haft áhrif. Nýnemar þurfa því ekki að velja áfanga á fyrsta árinu. Að vori velur nemandinn síðan áfanga fyrir næstu haustönn og fer þá yfir í áfangakerfið.
Markmiðið með þessari tilraun er að efla félagsleg tengsl nýnema og auka skuldbindingu þeirra til námsins. Einnig er stefnt að því að efla utanumhald um nemendur, veita þeim viðeigandi þjónustu og skapa festu í námi. Flestir framhaldsskólar landsins eru annað hvort bekkjaskólar eða áfangaskólar en með þessu fyrirkomulagi er nemendum gefinn kostur á að upplifa bæði kerfin í skólanum.
Vegna þessarar breytingar á skráningu nemenda í skólann er nauðsynlegt að umsækjendur velji Fjölbrautaskóla Suðurnesja sem 1. eða 2. val við innritun í framhaldsskóla. Ef nemandi er með FS sem 2. val og fær inngöngu í skólann sem var 1. val þá er ekki hægt að lofa nemandanum plássi í bekk í FS ef hann hættir við að stunda nám í hinum skólanum. Það sama á við ef nemandi velur tvo aðra framhaldsskóla við innritun en sækir síðar um nám í Fjölbrautaskóla Suðurnesja. Ef ekki er laust pláss í bekk myndi nemandinn þá stunda nám í einstökum áföngum þar sem eru laus pláss.